PDB Chemical Component SVV

The following tables include covalent bond distance, bond angle and torsion angle values for the experimental model and ideal geometries stored in the definition for this chemical component.

Bond Distances for SVV

Atom I Atom J Distance (Experimental Model) Distance (Ideal Model)
N CA 1.477 1.442
CA C 1.558 1.514
C O 1.249 1.224
CA CB 1.533 1.522
CB OG 1.428 1.422
OG P1 1.608 1.623
O3 P1 1.507 1.625
P1 O2 1.492 1.505
P1 N4 1.743 1.654
C OXT 1.343 1.359
CB HBC1 1.115 1.095
CB HA2 1.115 1.096
O3 H3 0.949 0.981
N4 H4N1 1.020 1.018
N4 H4N2 1.020 1.019
OXT HA 4.103 0.981
N HN1 1.000 1.006
N HN2 1.001 1.006
CA HC 1.100 1.096

Bond Angles for SVV

Atom I Atom J Atom K Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
N CA C 112.3 107.3
N CA CB 111.0 111.6
CA N HN1 109.5 119.0
CA N HN2 109.5 118.9
N CA HC 108.0 105.3
CA C O 118.9 125.1
C CA CB 113.8 110.6
CA C OXT 118.6 111.9
C CA HC 104.9 110.0
O C OXT 122.5 122.9
CA CB OG 111.3 109.2
CA CB HBC1 111.6 111.0
CA CB HA2 111.5 111.6
CB CA HC 106.3 111.7
CB OG P1 122.8 120.2
OG CB HBC1 111.5 107.8
OG CB HA2 111.6 108.7
OG P1 O3 103.7 102.2
OG P1 O2 123.9 111.6
OG P1 N4 94.3 107.7
O3 P1 O2 117.6 111.4
O3 P1 N4 109.7 106.5
P1 O3 H3 103.8 118.7
O2 P1 N4 104.7 116.4
P1 N4 H4N1 118.2 117.1
P1 N4 H4N2 94.3 117.1
C OXT HA 27.4 115.2
HBC1 CB HA2 98.8 108.4
H4N1 N4 H4N2 118.2 105.8
HN1 N HN2 109.4 120.7

Torsion Angles for SVV

Atom I Atom J Atom K Atom L Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
N CA C O 66.0 324.1
C CA N CB 128.7 121.3
N CA C OXT 246.1 146.4
C CA N HC 244.8 242.8
N CA CB OG 197.4 178.2
N CA CB HBC1 72.1 59.4
N CA CB HA2 322.7 298.4
CB CA N HC 116.2 121.4
HN1 N CA HN2 240.0 166.6
N CA C CB 232.8 238.0
C CA N HN1 45.7 58.8
C CA N HN2 165.7 252.2
N CA C HC 117.0 114.1
O C CA OXT 179.9 177.7
C CA CB OG 69.5 58.8
C CA CB HBC1 304.2 300.0
C CA CB HA2 194.8 178.9
CB CA C HC 244.2 236.1
CA C OXT HA 52.7 177.7
O C CA CB 193.2 86.1
CA C O OXT 180.1 182.5
O C CA HC 308.9 210.0
O C OXT HA 232.8 360.0
N CA CB C 127.9 119.4
CB CA N HN1 277.1 297.5
CB CA N HN2 37.1 130.8
N CA CB HC 242.8 242.4
CB CA C O 193.2 86.1
CB CA C OXT 13.3 268.4
C CA CB HC 114.9 122.9
CA CB OG P1 219.8 180.0
OG CB CA HBC1 125.3 118.8
OG CB CA HA2 234.7 239.8
HBC1 CB CA HA2 109.4 121.1
CA CB OG HBC1 234.7 239.3
CA CB OG HA2 125.3 122.0
OG CB CA HC 314.6 295.8
CB OG P1 O3 34.1 308.1
CB OG P1 O2 256.5 188.9
CB OG P1 N4 145.7 60.0
HBC1 CB OG HA2 250.6 242.7
P1 OG CB HBC1 345.1 300.8
P1 OG CB HA2 94.5 58.1
O3 P1 OG O2 137.6 119.2
O3 P1 OG N4 248.5 248.1
OG P1 O3 H3 180.0 287.4
O2 P1 OG N4 110.9 128.9
OG P1 N4 H4N1 54.7 62.0
OG P1 N4 H4N2 180.0 189.2
OG P1 O3 O2 219.2 240.7
OG P1 O3 N4 99.8 112.9
O2 P1 O3 N4 240.6 232.1
O3 P1 N4 H4N1 161.0 170.9
O3 P1 N4 H4N2 286.3 298.1
OG P1 O2 O3 132.3 113.5
OG P1 O2 N4 254.4 235.8
O3 P1 O2 N4 122.0 122.3
O2 P1 O3 H3 320.8 46.6
O2 P1 N4 H4N1 288.0 295.8
O2 P1 N4 H4N2 53.3 63.0
OG P1 N4 O3 253.7 251.0
OG P1 N4 O2 126.7 126.1
O3 P1 N4 O2 233.0 235.1
N4 P1 O3 H3 80.2 174.5
H4N1 N4 P1 H4N2 234.7 232.8
CA C OXT O 179.9 177.8
OXT C CA CB 13.3 268.4
OXT C CA HC 129.0 32.3
CA CB HBC1 OG 125.1 119.6
CA CB HBC1 HA2 242.6 237.1
HBC1 CB CA HC 189.3 177.1
HBC1 CB OG P1 345.1 300.8
OG CB HBC1 HA2 117.4 117.5
CA CB HA2 OG 234.9 239.5
CA CB HA2 HBC1 117.5 122.6
HA2 CB CA HC 79.9 56.0
HA2 CB OG P1 94.5 58.1
OG CB HA2 HBC1 242.6 243.0
H3 O3 P1 O2 320.8 46.6
H3 O3 P1 N4 80.2 174.5
P1 N4 H4N1 H4N2 112.6 132.5
P1 N4 H4N2 H4N1 234.7 227.5
HN1 N CA C 45.7 58.8
HN1 N CA CB 277.1 297.5
CA N HN1 HN2 120.0 193.6
HN1 N CA HC 160.9 176.0
HN2 N CA C 165.7 252.2
HN2 N CA CB 37.1 130.8
CA N HN2 HN1 240.0 166.4
HN2 N CA HC 280.9 9.4
N CA HC C 240.0 244.6
N CA HC CB 119.2 121.4
HC CA N HN1 160.9 176.0
HC CA N HN2 280.9 9.4
HC CA C O 308.9 210.0
C CA HC CB 239.2 236.8
HC CA C OXT 129.0 32.3
HC CA CB OG 314.6 295.8
HC CA CB HBC1 189.3 177.1
HC CA CB HA2 79.9 56.0