PDB Chemical Component SEP

The following tables include covalent bond distance, bond angle and torsion angle values for the experimental model and ideal geometries stored in the definition for this chemical component.

Bond Distances for SEP

Atom I	Atom J	Distance (Experimental Model)	Distance (Ideal Model)
N	CA	1.446	1.469
N	H	1.020	1.010
N	H2	1.021	1.008
CA	CB	1.499	1.529
CA	C	1.473	1.506
CA	HA	1.115	1.090
CB	OG	1.392	1.428
CB	HB2	1.116	1.089
CB	HB3	1.115	1.090
OG	P	1.579	1.609
C	O	1.243	1.208
C	OXT	1.313	1.342
OXT	HXT	0.949	0.967
P	O1P	1.465	1.480
P	O2P	1.466	1.610
P	O3P	1.489	1.609
O2P	HOP2	0.950	0.967
O3P	HOP3	0.950	0.967

Bond Angles for SEP

Atom I	Atom J	Atom K	Angle (Experimental Model)	Angle (Ideal Model)
CA	N	H	114.4	106.7
CA	N	H2	110.4	106.7
N	CA	CB	114.3	109.4
N	CA	C	113.4	109.4
N	CA	HA	103.4	109.5
H	N	H2	110.4	106.7
CB	CA	C	110.5	109.6
CB	CA	HA	106.7	109.5
CA	CB	OG	107.6	109.5
CA	CB	HB2	112.9	109.5
CA	CB	HB3	112.9	109.4
C	CA	HA	107.9	109.4
CA	C	O	121.4	120.0
CA	C	OXT	112.9	120.0
OG	CB	HB2	112.9	109.5
OG	CB	HB3	112.9	109.4
CB	OG	P	117.8	106.8
HB2	CB	HB3	97.5	109.4
OG	P	O1P	108.7	109.5
OG	P	O2P	105.5	109.5
OG	P	O3P	109.7	109.5
O	C	OXT	125.7	119.9
C	OXT	HXT	112.9	120.0
O1P	P	O2P	110.3	109.5
O1P	P	O3P	110.7	109.4
O2P	P	O3P	111.8	109.5
P	O2P	HOP2	105.5	106.8
P	O3P	HOP3	109.7	106.8

Torsion Angles for SEP

Atom I	Atom J	Atom K	Atom L	Angle (Experimental Model)	Angle (Ideal Model)
H	N	CA	H2	125.2	113.8
CB	CA	N	C	232.1	239.9
CB	CA	N	HA	115.6	120.0
N	CA	CB	OG	176.1	299.9
N	CA	CB	HB2	301.4	60.0
N	CA	CB	HB3	50.8	180.0
C	CA	N	HA	243.5	240.1
N	CA	C	O	340.6	329.9
N	CA	C	OXT	159.2	150.0
CA	N	H	H2	234.8	246.2
H	N	CA	CB	179.9	53.8
H	N	CA	C	307.8	173.9
H	N	CA	HA	64.4	293.7
CA	N	H2	H	127.5	113.8
H2	N	CA	CB	54.7	300.0
H2	N	CA	C	182.6	60.1
H2	N	CA	HA	299.2	180.0
CB	CA	N	H	179.9	53.8
CB	CA	N	H2	54.7	300.0
N	CA	CB	C	129.3	120.0
N	CA	CB	HA	246.4	240.0
C	CA	CB	HA	117.0	120.0
CB	CA	C	O	110.4	89.9
CB	CA	C	OXT	289.1	270.0
OG	CB	CA	HB2	234.7	239.9
OG	CB	CA	HB3	125.3	119.9
CA	CB	OG	P	120.2	180.0
HB2	CB	CA	HB3	250.6	240.0
C	CA	N	H	307.8	173.9
C	CA	N	H2	182.6	60.1
N	CA	C	CB	230.2	240.0
N	CA	C	HA	113.8	119.9
CB	CA	C	HA	243.7	239.9
C	CA	CB	OG	46.8	179.9
C	CA	CB	HB2	172.1	300.0
C	CA	CB	HB3	281.5	60.0
O	C	CA	OXT	181.3	179.9
CA	C	OXT	HXT	180.0	179.9
HA	CA	N	H	64.4	293.7
HA	CA	N	H2	299.2	180.0
N	CA	HA	CB	120.9	120.0
N	CA	HA	C	239.7	240.1
CB	CA	HA	C	118.8	120.1
HA	CA	CB	OG	289.7	59.9
HA	CA	CB	HB2	55.0	180.0
HA	CA	CB	HB3	164.5	300.0
HA	CA	C	O	226.7	210.0
HA	CA	C	OXT	45.4	30.1
OG	CB	CA	C	46.8	179.9
OG	CB	CA	HA	289.7	59.9
CA	CB	OG	HB2	125.3	120.1
CA	CB	OG	HB3	234.7	240.1
HB2	CB	OG	HB3	109.4	120.0
CB	OG	P	O1P	170.9	60.0
CB	OG	P	O2P	289.2	180.1
CB	OG	P	O3P	49.8	300.1
HB2	CB	CA	C	172.1	300.0
HB2	CB	CA	HA	55.0	180.0
CA	CB	HB2	OG	237.6	239.9
CA	CB	HB2	HB3	118.8	120.0
OG	CB	HB2	HB3	241.2	240.1
HB2	CB	OG	P	354.9	59.9
HB3	CB	CA	C	281.5	60.0
HB3	CB	CA	HA	164.5	300.0
CA	CB	HB3	OG	122.4	120.0
CA	CB	HB3	HB2	241.2	240.0
OG	CB	HB3	HB2	118.8	120.0
HB3	CB	OG	P	245.5	299.9
P	OG	CB	HB2	354.9	59.9
P	OG	CB	HB3	245.5	299.9
O1P	P	OG	O2P	241.7	240.0
O1P	P	OG	O3P	121.1	119.9
O2P	P	OG	O3P	239.4	240.0
OG	P	O2P	HOP2	179.9	180.0
OG	P	O3P	HOP3	180.1	300.0
O	C	CA	HA	226.7	210.0
CA	C	O	OXT	178.5	180.1
O	C	OXT	HXT	358.6	0.1
OXT	C	CA	HA	45.4	30.1
CA	C	OXT	O	181.4	179.9
OG	P	O1P	O2P	115.2	120.1
OG	P	O1P	O3P	239.5	240.0
O2P	P	O1P	O3P	124.3	120.0
O1P	P	O2P	HOP2	297.2	300.0
O1P	P	O3P	HOP3	60.1	180.0
OG	P	O2P	O1P	242.8	240.0
OG	P	O2P	O3P	119.2	120.0
O1P	P	O2P	O3P	236.4	240.1
O2P	P	O3P	HOP3	296.7	60.0
OG	P	O3P	O1P	119.9	120.0
OG	P	O3P	O2P	243.3	239.9
O1P	P	O3P	O2P	123.4	120.0
O3P	P	O2P	HOP2	60.8	59.9
HOP2	O2P	P	O3P	60.8	59.9