PDB Chemical Component LB2

The following tables include covalent bond distance, bond angle and torsion angle values for the experimental model and ideal geometries stored in the definition for this chemical component.

Bond Distances for LB2

Atom I Atom J Distance (Experimental Model) Distance (Ideal Model)
O1D C1D 1.427 1.429
C1D O5D 1.443 1.429
C1D C2D 1.540 1.531
C2D O2D 1.438 1.429
C2D C3D 1.537 1.532
O5D C5D 1.401 1.429
C5D C4D 1.551 1.531
C5D C6D 1.534 1.531
C6D O6D 1.429 1.429
C4D C3D 1.535 1.532
C4D O4D 1.433 1.429
C3D O3D 1.452 1.429
O3D C1E 1.409 1.429
C1E C2E 1.519 1.531
C1E O5E 1.436 1.429
C2E O2E 1.423 1.429
C2E C3E 1.529 1.532
C3E O3E 1.427 1.429
C3E C4E 1.522 1.531
C4E C5E 1.523 1.531
C4E O4E 1.422 1.429
O5E C5E 1.432 1.430
C5E C6E 1.535 1.530
C6E O6E 1.445 1.429
O1D HO1D 0.950 0.968
C1D H1D 1.100 1.089
C2D H2D 1.099 1.090
O2D HO2D 0.950 0.968
C5D H5D 1.100 1.089
C6D H6D 1.100 1.090
C6D H6DA 1.100 1.089
O6D HO6D 0.950 0.967
C4D H4D 1.100 1.089
O4D HO4D 0.950 0.967
C3D H3D 1.100 1.091
C1E H1E 1.100 1.090
C2E H2E 1.100 1.089
O2E HO2E 0.949 0.966
C3E H3E 1.099 1.091
O3E HO3E 0.950 0.967
C4E H4E 1.100 1.090
O4E HO4E 0.951 0.967
C5E H5E 1.100 1.090
C6E H6E 1.100 1.089
C6E H6EA 1.100 1.090
O6E HO6E 0.950 0.967

Bond Angles for LB2

Atom I Atom J Atom K Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
O1D C1D O5D 107.7 109.5
O1D C1D H1D 110.6 109.5
O5D C1D H1D 110.3 109.5
C1D C2D O2D 111.4 109.5
C1D C2D H2D 108.1 109.5
C3D C2D O2D 109.4 109.5
O2D C2D H2D 109.5 109.5
C2D O2D HO2D 109.5 114.0
C2D C3D O3D 108.2 109.6
C3D C2D H2D 108.2 109.6
C2D C3D H3D 108.0 109.5
O5D C5D H5D 109.6 109.5
C5D C4D O4D 107.7 109.5
C5D C4D H4D 107.8 109.5
C5D C6D O6D 109.8 109.5
C6D C5D H5D 107.8 109.5
C5D C6D H6D 109.4 109.5
C5D C6D H6DA 109.4 109.5
O6D C6D H6D 109.4 109.4
O6D C6D H6DA 109.4 109.5
C6D O6D HO6D 109.5 114.0
C4D C3D O3D 114.4 109.5
C4D C3D H3D 108.0 109.5
O4D C4D H4D 109.4 109.6
C4D O4D HO4D 109.5 114.0
C3D O3D C1E 113.5 114.0
O3D C3D H3D 109.0 109.6
O3D C1E C2E 108.6 109.5
O3D C1E O5E 108.5 109.5
O3D C1E H1E 111.2 109.5
C1E C2E O2E 111.0 109.5
C1E C2E H2E 109.1 109.5
O5E C1E H1E 110.8 109.5
C3E C2E O2E 111.2 109.5
O2E C2E H2E 110.5 109.5
C2E O2E HO2E 109.5 114.0
C2E C3E O3E 110.4 109.5
C2E C3E C4E 109.9 109.1
C3E C2E H2E 109.0 109.6
C2E C3E H3E 108.4 109.5
C4E C3E O3E 110.0 109.6
O3E C3E H3E 109.7 109.6
C3E O3E HO3E 109.5 114.0
C3E C4E C5E 110.1 109.2
C3E C4E O4E 109.7 109.5
C4E C3E H3E 108.4 109.6
C3E C4E H4E 109.5 109.5
C5E C4E O4E 107.3 109.5
C4E C5E C6E 112.0 109.5
C5E C4E H4E 109.4 109.5
C4E C5E H5E 108.1 109.5
O4E C4E H4E 110.9 109.5
C4E O4E HO4E 109.5 114.0
O5E C5E H5E 109.3 109.5
C5E C6E O6E 112.4 109.5
C6E C5E H5E 107.9 109.5
C5E C6E H6E 108.8 109.4
C5E C6E H6EA 108.7 109.4
O6E C6E H6E 108.8 109.5
O6E C6E H6EA 108.8 109.5
C6E O6E HO6E 109.5 114.0
H6D C6D H6DA 109.5 109.5
H6E C6E H6EA 109.4 109.5

Torsion Angles for LB2

Atom I Atom J Atom K Atom L Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
O5D C1D O1D H1D 239.4 239.9
O1D C1D C2D O2D 297.7 297.5
O1D C1D C2D H2D 58.1 57.6
O1D C1D O5D H1D 120.8 120.0
O5D C1D C2D O2D 179.8 177.5
O5D C1D C2D H2D 300.2 297.6
C1D O5D C5D H5D 311.6 301.1
C3D C2D C1D O2D 238.4 240.1
O2D C2D C1D H2D 239.6 239.9
C1D C2D O2D HO2D 180.0 60.0
C1D C2D C3D O3D 183.0 183.2
C3D C2D C1D H2D 118.0 120.0
C1D C2D C3D H3D 65.1 62.8
C1D C2D O2D H2D 119.6 120.1
O2D C2D C3D O3D 60.1 63.3
C3D C2D O2D H2D 241.6 239.8
O2D C2D C3D H3D 302.3 303.0
C1D C2D C3D O2D 122.8 119.9
C1D C2D C3D H2D 242.0 240.0
O2D C2D C3D H2D 119.2 120.1
C3D C2D O2D HO2D 302.0 179.7
C4D C3D C2D O3D 125.0 119.9
C4D C3D C2D H3D 242.9 240.2
C2D C3D O3D C1E 211.3 270.0
O3D C3D C2D H3D 117.9 120.3
O5D C5D C4D H4D 57.6 62.3
O5D C5D C6D O6D 293.5 65.0
C6D C5D O5D H5D 241.1 240.0
O5D C5D C6D H6D 53.6 185.0
O5D C5D C6D H6DA 173.5 305.0
C5D C4D C3D O3D 174.0 176.9
C5D C4D C3D H3D 295.6 297.1
O4D C4D C5D H4D 117.9 120.2
C5D C4D O4D HO4D 180.0 299.9
O5D C5D C6D H5D 119.9 120.0
C6D C5D C4D O4D 52.6 62.6
C6D C5D C4D H4D 294.7 302.3
O6D C6D C5D H6D 240.0 240.1
O6D C6D C5D H6DA 120.0 120.0
C5D C6D O6D HO6D 180.0 180.0
H6D C6D C5D H6DA 240.1 239.9
O6D C6D C5D H5D 173.6 305.0
C5D C6D O6D H6D 120.0 120.0
C5D C6D O6D H6DA 240.0 240.0
H6D C6D O6D H6DA 119.9 120.1
C4D C3D C2D O2D 185.2 183.1
C2D C3D C4D O3D 238.7 240.1
C4D C3D C2D H2D 66.0 63.0
C2D C3D C4D H3D 117.1 119.8
C4D C3D O3D C1E 89.5 150.5
O3D C3D C4D H3D 238.4 239.7
C5D C4D O4D H4D 243.1 239.8
O4D C4D C3D O3D 295.0 296.7
O4D C4D C3D H3D 56.6 57.0
O3D C3D C2D O2D 60.1 63.3
O3D C3D C2D H2D 300.9 303.1
C2D C3D O3D H3D 242.8 239.8
C4D C3D O3D H3D 121.0 120.2
C3D O3D C1E C2E 152.1 175.0
C3D O3D C1E O5E 269.5 294.9
C3D O3D C1E H1E 31.5 54.9
C1E O3D C3D H3D 328.5 30.3
O3D C1E C2E O2E 303.1 297.5
O3D C1E C2E H2E 65.0 57.6
O5E C1E O3D H1E 238.0 240.0
O3D C1E C2E O5E 117.6 120.0
O3D C1E C2E H1E 238.4 240.0
C3E C2E C1E O2E 239.2 240.1
O2E C2E C1E H2E 238.0 239.9
C1E C2E O2E HO2E 180.0 60.0
C1E C2E C3E O3E 178.6 183.1
C3E C2E C1E H2E 117.2 120.0
C1E C2E C3E H3E 58.4 63.0
O3D C1E O5E C2E 242.3 240.0
O3D C1E O5E H1E 122.3 120.0
O5E C1E C2E O2E 185.5 177.5
O5E C1E C2E H2E 307.5 297.7
C1E O5E C5E H5E 301.3 301.2
C1E C2E O2E H2E 121.2 120.1
O2E C2E C3E O3E 57.9 63.3
O2E C2E C3E C4E 179.4 183.2
C3E C2E O2E H2E 238.9 239.8
O2E C2E C3E H3E 297.7 303.1
O3D C1E C2E C3E 182.2 177.6
C1E C2E C3E O2E 120.7 119.9
C1E C2E C3E H2E 242.7 240.1
O2E C2E C3E H2E 122.0 120.2
C3E C2E O2E HO2E 297.7 179.7
C4E C3E C2E O3E 121.5 119.9
O3E C3E C2E H3E 120.2 120.2
C2E C3E O3E HO3E 180.0 300.0
C2E C3E C4E C5E 54.7 57.0
C2E C3E C4E O4E 172.5 176.9
C4E C3E C2E H3E 241.7 240.1
C2E C3E C4E H4E 294.4 297.1
O3E C3E C2E O2E 57.9 63.3
C2E C3E O3E C4E 121.5 119.6
O3E C3E C2E H2E 295.9 303.1
C2E C3E O3E H3E 240.6 239.9
O3E C3E C4E C5E 176.5 176.9
O3E C3E C4E O4E 294.3 296.8
C4E C3E O3E H3E 119.2 120.3
O3E C3E C4E H4E 56.2 56.9
C4E C3E C2E O2E 179.4 183.2
C2E C3E C4E O3E 238.2 240.1
C4E C3E C2E H2E 57.4 63.0
C2E C3E C4E H3E 118.3 119.9
O3E C3E C4E H3E 240.0 239.8
C4E C3E O3E HO3E 58.5 180.4
C5E C4E C3E O4E 242.2 240.1
C3E C4E C5E C6E 185.0 182.4
C5E C4E C3E H4E 120.3 119.9
C3E C4E C5E H5E 66.3 62.4
O4E C4E C3E H4E 238.1 239.8
C3E C4E O4E HO4E 180.0 60.0
C5E C4E C3E O3E 176.5 176.9
C3E C4E C5E O4E 119.3 119.9
C5E C4E C3E H3E 296.5 297.1
C3E C4E C5E H4E 239.7 240.1
O4E C4E C5E H4E 120.4 120.1
C5E C4E O4E HO4E 299.5 179.7
O5E C5E C4E H5E 240.6 240.0
C4E C5E C6E O6E 63.2 185.0
C6E C5E C4E H5E 118.8 120.0
C4E C5E C6E H6E 183.7 305.0
C4E C5E C6E H6EA 302.8 65.0
O4E C4E C3E O3E 294.3 296.8
C3E C4E O4E C5E 240.5 240.3
O4E C4E C3E H3E 54.3 57.0
C3E C4E O4E H4E 121.0 120.2
O4E C4E C5E C6E 65.7 62.5
C5E C4E O4E H4E 240.6 239.9
O4E C4E C5E H5E 307.0 302.5
O3D C1E O5E C5E 175.6 178.8
O5E C5E C4E H4E 67.2 62.3
C4E C5E O5E H5E 118.7 120.0
O5E C5E C6E O6E 300.7 65.1
C6E C5E O5E H5E 242.2 240.0
O5E C5E C6E H6E 61.2 185.1
O5E C5E C6E H6EA 180.3 305.1
C6E C5E C4E O4E 65.7 62.5
C6E C5E C4E H4E 305.4 302.4
C4E C5E C6E H5E 241.1 240.0
O5E C5E C6E H5E 118.7 120.0
O6E C6E C5E H6E 239.5 240.0
O6E C6E C5E H6EA 120.5 120.0
C5E C6E O6E HO6E 180.0 180.0
H6E C6E C5E H6EA 240.9 240.0
O6E C6E C5E H5E 182.1 305.0
C5E C6E O6E H6E 120.5 120.0
C5E C6E O6E H6EA 239.6 240.0
H6E C6E O6E H6EA 119.1 120.1
HO1D O1D C1D O5D 180.0 299.9
HO1D O1D C1D H1D 300.6 60.0
O1D C1D H1D O5D 241.0 240.0
H1D C1D C2D O2D 59.8 57.5
H1D C1D C2D H2D 180.2 177.6
C1D C2D H2D O2D 238.4 239.9
C3D C2D H2D O2D 119.2 120.2
H2D C2D O2D HO2D 60.4 299.9
H2D C2D C3D O3D 300.9 303.1
H2D C2D C3D H3D 183.1 182.8
HO2D O2D C2D H2D 60.4 299.9
H5D C5D C4D O4D 293.5 302.5
H5D C5D C4D H4D 175.5 182.3
H5D C5D C6D O6D 173.6 305.0
H5D C5D C6D H6D 293.6 64.9
H5D C5D C6D H6DA 53.5 185.0
C5D C6D H6D O6D 239.7 240.0
H6D C6D C5D H5D 293.6 64.9
C5D C6D H6D H6DA 119.8 120.0
O6D C6D H6D H6DA 240.2 240.0
H6D C6D O6D HO6D 59.9 60.0
C5D C6D H6DA O6D 120.3 120.0
H6DA C6D C5D H5D 53.5 185.0
C5D C6D H6DA H6D 240.2 240.0
O6D C6D H6DA H6D 119.8 120.0
H6DA C6D O6D HO6D 300.0 300.0
HO6D O6D C6D H6D 59.9 60.0
HO6D O6D C6D H6DA 300.0 300.0
C5D C4D H4D O4D 116.9 120.2
H4D C4D C3D O3D 56.4 57.0
H4D C4D C3D H3D 178.0 177.3
H4D C4D O4D HO4D 296.9 60.1
HO4D O4D C4D H4D 296.9 60.1
H3D C3D C2D O2D 302.3 303.0
C2D C3D H3D O3D 117.3 120.3
H3D C3D C2D H2D 183.1 182.8
C4D C3D H3D O3D 235.1 239.8
H3D C3D O3D C1E 328.5 30.3
O3D C1E H1E C2E 120.0 120.0
O3D C1E H1E O5E 239.3 240.0
H1E C1E C2E O2E 64.6 57.5
H1E C1E C2E H2E 186.6 177.7
C1E C2E H2E O2E 237.7 239.9
C3E C2E H2E O2E 122.4 120.2
H2E C2E O2E HO2E 58.8 299.9
H2E C2E C3E O3E 295.9 303.1
H2E C2E C3E C4E 57.4 63.0
H2E C2E C3E H3E 175.7 182.9
HO2E O2E C2E H2E 58.8 299.9
H3E C3E C2E O2E 297.7 303.1
C2E C3E H3E O3E 120.6 120.2
C2E C3E H3E C4E 240.8 240.4
H3E C3E C2E H2E 175.7 182.9
C4E C3E H3E O3E 239.8 239.8
H3E C3E O3E HO3E 299.3 60.1
H3E C3E C4E C5E 296.5 297.1
H3E C3E C4E O4E 54.3 57.0
H3E C3E C4E H4E 176.2 177.2
HO3E O3E C3E H3E 299.3 60.1
H4E C4E C3E O3E 56.2 56.9
C3E C4E H4E C5E 120.7 119.7
C3E C4E H4E O4E 238.8 239.8
H4E C4E C3E H3E 176.2 177.2
C5E C4E H4E O4E 118.1 120.1
H4E C4E C5E C6E 305.4 302.4
H4E C4E C5E H5E 186.6 182.3
H4E C4E O4E HO4E 59.0 299.8
HO4E O4E C4E H4E 59.0 299.8
H5E C5E C4E O4E 307.0 302.5
C4E C5E H5E C6E 121.3 120.0
H5E C5E C4E H4E 186.6 182.3
H5E C5E C6E O6E 182.1 305.0
H5E C5E C6E H6E 302.5 65.1
H5E C5E C6E H6EA 61.6 185.1
C5E C6E H6E O6E 237.3 240.0
H6E C6E C5E H5E 302.5 65.1
C5E C6E H6E H6EA 118.7 120.0
O6E C6E H6E H6EA 241.3 240.0
H6E C6E O6E HO6E 59.5 60.1
C5E C6E H6EA O6E 122.6 120.0
H6EA C6E C5E H5E 61.6 185.1
C5E C6E H6EA H6E 241.3 240.0
O6E C6E H6EA H6E 118.7 120.1
H6EA C6E O6E HO6E 300.4 300.0
HO6E O6E C6E H6E 59.5 60.1
HO6E O6E C6E H6EA 300.4 300.0