PDB Chemical Component 2XY

The following tables include covalent bond distance, bond angle and torsion angle values for the experimental model and ideal geometries stored in the definition for this chemical component.

Bond Distances for 2XY

Atom I Atom J Distance (Experimental Model) Distance (Ideal Model)
C4 C3 1.523  
C4 N1 1.441  
C4 H4 1.100  
C4 H4A 1.100  
C1 C2 1.528  
C1 N1 1.432  
C1 H1 1.100  
C1 H1A 1.100  
C2 O1 1.413  
C2 H2 1.100  
C2 H2A 1.100  
O2 N3 1.192  
C3 O1 1.399  
C3 H3 1.100  
C3 H3A 1.100  
O3 N3 1.175  
C5 N2 1.438  
C5 C6 1.333  
C5 C11 1.514  
N1 N2 1.411  
N2 HN2 1.000  
C6 C7 1.513  
C6 H6 1.080  
C7 C8 1.325  
C7 H7 1.080  
C8 C9 1.519  
C8 C10 1.525  
C9 F2 1.363  
C9 F3 1.357  
C9 F1 1.332  
C10 C11 1.309  
C10 H10 1.080  
C11 N3 1.468  

Bond Angles for 2XY

Atom I Atom J Atom K Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
C3 C4 N1 109.2  
C3 C4 H4 109.5  
C3 C4 H4A 109.6  
C4 C3 O1 112.9  
C4 C3 H3 108.3  
C4 C3 H3A 107.6  
N1 C4 H4 109.6  
N1 C4 H4A 109.6  
C4 N1 C1 115.3  
C4 N1 N2 111.1  
H4 C4 H4A 109.3  
C2 C1 N1 107.8  
C2 C1 H1 110.0  
C2 C1 H1A 110.4  
C1 C2 O1 110.3  
C1 C2 H2 109.2  
C1 C2 H2A 109.0  
N1 C1 H1 110.0  
N1 C1 H1A 110.4  
C1 N1 N2 111.1  
H1 C1 H1A 108.2  
O1 C2 H2 109.2  
O1 C2 H2A 109.1  
C2 O1 C3 113.4  
H2 C2 H2A 110.1  
O2 N3 O3 117.0  
O2 N3 C11 123.8  
O1 C3 H3 108.3  
O1 C3 H3A 107.5  
H3 C3 H3A 112.2  
O3 N3 C11 117.8  
N2 C5 C6 120.6  
N2 C5 C11 116.7  
C5 N2 N1 117.4  
C5 N2 HN2 106.9  
C6 C5 C11 122.6  
C5 C6 C7 118.0  
C5 C6 H6 121.0  
C5 C11 C10 119.4  
C5 C11 N3 118.5  
N1 N2 HN2 106.9  
C7 C6 H6 121.0  
C6 C7 C8 118.9  
C6 C7 H7 120.5  
C8 C7 H7 120.5  
C7 C8 C9 121.0  
C7 C8 C10 122.5  
C9 C8 C10 116.5  
C8 C9 F2 109.4  
C8 C9 F3 110.1  
C8 C9 F1 109.5  
C8 C10 C11 118.5  
C8 C10 H10 120.8  
F2 C9 F3 111.4  
F2 C9 F1 107.0  
F3 C9 F1 109.3  
C11 C10 H10 120.8  
C10 C11 N3 122.0  

Torsion Angles for 2XY

Atom I Atom J Atom K Atom L Angle (Experimental Model) Angle (Ideal Model)
N1 C4 C3 H4 240.0  
N1 C4 C3 H4A 120.1  
C3 C4 N1 C1 52.5  
C3 C4 N1 N2 180.0  
H4 C4 C3 H4A 240.1  
C2 O1 C3 C4 54.3  
O1 C3 C4 H3 240.0  
O1 C3 C4 H3A 118.5  
H3 C3 C4 H3A 238.5  
C3 C4 N1 H4 120.0  
C3 C4 N1 H4A 239.9  
N1 C4 C3 O1 311.1  
N1 C4 C3 H3 71.1  
N1 C4 C3 H3A 192.5  
H4 C4 N1 H4A 119.9  
C2 C1 N1 C4 303.3  
C4 N1 C1 H1 183.3  
C4 N1 C1 H1A 64.0  
C1 N1 C4 N2 232.5  
C5 N2 N1 C4 130.4  
C4 N1 N2 HN2 10.4  
C3 C4 H4 N1 240.2  
C3 C4 H4 H4A 120.1  
H4 C4 C3 O1 71.1  
H4 C4 C3 H3 191.1  
H4 C4 C3 H3A 312.6  
N1 C4 H4 H4A 239.9  
H4 C4 N1 C1 292.5  
H4 C4 N1 N2 60.0  
C3 C4 H4A N1 119.9  
C3 C4 H4A H4 239.9  
H4A C4 C3 O1 191.0  
H4A C4 C3 H3 311.0  
H4A C4 C3 H3A 72.5  
N1 C4 H4A H4 120.1  
H4A C4 N1 C1 172.6  
H4A C4 N1 N2 300.1  
C4 N1 C1 C2 303.3  
N1 C1 C2 H1 240.0  
N1 C1 C2 H1A 120.7  
C2 C1 N1 N2 175.8  
H1 C1 C2 H1A 240.7  
O1 C2 C1 H2 240.0  
O1 C2 C1 H2A 119.7  
C1 C2 O1 C3 301.9  
H2 C2 C1 H2A 239.7  
C1 N1 C4 H4 292.5  
C1 N1 C4 H4A 172.6  
C4 N1 C1 N2 127.5  
C2 C1 N1 H1 120.0  
C2 C1 N1 H1A 239.3  
N1 C1 C2 O1 57.0  
N1 C1 C2 H2 177.0  
N1 C1 C2 H2A 297.3  
H1 C1 N1 H1A 119.3  
C5 N2 N1 C1 260.1  
C1 N1 N2 HN2 140.1  
C2 C1 H1 N1 241.4  
C2 C1 H1 H1A 120.7  
H1 C1 C2 O1 177.0  
H1 C1 C2 H2 297.0  
H1 C1 C2 H2A 57.3  
N1 C1 H1 H1A 239.3  
H1 C1 N1 N2 55.8  
C2 C1 H1A N1 119.1  
C2 C1 H1A H1 239.6  
H1A C1 C2 O1 296.3  
H1A C1 C2 H2 56.3  
H1A C1 C2 H2A 176.6  
N1 C1 H1A H1 120.5  
H1A C1 N1 N2 296.5  
C4 C3 O1 C2 54.3  
O1 C2 C1 N1 57.0  
O1 C2 C1 H1 177.0  
O1 C2 C1 H1A 296.3  
C1 C2 O1 H2 120.0  
C1 C2 O1 H2A 240.3  
H2 C2 O1 H2A 120.3  
C2 O1 C3 H3 294.3  
C2 O1 C3 H3A 172.8  
H2 C2 C1 N1 177.0  
H2 C2 C1 H1 297.0  
H2 C2 C1 H1A 56.3  
C1 C2 H2 O1 239.4  
C1 C2 H2 H2A 119.6  
O1 C2 H2 H2A 240.3  
H2 C2 O1 C3 181.9  
H2A C2 C1 N1 297.3  
H2A C2 C1 H1 57.3  
H2A C2 C1 H1A 176.6  
C1 C2 H2A O1 120.4  
C1 C2 H2A H2 240.2  
O1 C2 H2A H2 119.8  
H2A C2 O1 C3 61.6  
O3 N3 O2 C11 166.0  
C5 C11 N3 O2 175.7  
C10 C11 N3 O2 354.9  
O1 C3 C4 N1 311.1  
O1 C3 C4 H4 71.1  
O1 C3 C4 H4A 191.0  
C4 C3 O1 H3 120.0  
C4 C3 O1 H3A 241.5  
C3 O1 C2 H2 181.9  
C3 O1 C2 H2A 61.6  
H3 C3 O1 H3A 121.5  
H3 C3 C4 N1 71.1  
H3 C3 C4 H4 191.1  
H3 C3 C4 H4A 311.0  
C4 C3 H3 O1 237.1  
C4 C3 H3 H3A 118.6  
O1 C3 H3 H3A 241.4  
H3A C3 C4 N1 192.5  
H3A C3 C4 H4 312.6  
H3A C3 C4 H4A 72.5  
C4 C3 H3A O1 121.9  
C4 C3 H3A H3 241.0  
O1 C3 H3A H3 119.0  
O2 N3 O3 C11 193.1  
C5 C11 N3 O3 9.8  
C10 C11 N3 O3 189.0  
C4 N1 N2 C5 130.4  
C1 N1 N2 C5 260.1  
C6 C5 N2 C11 183.4  
N2 C5 C6 C7 175.4  
N2 C5 C6 H6 355.4  
N2 C5 C11 C10 183.4  
N2 C5 C11 N3 2.6  
N1 N2 C5 HN2 240.0  
N2 C5 C6 C11 176.4  
C6 C5 N2 N1 358.4  
C6 C5 N2 HN2 118.4  
C6 C5 C11 C10 359.9  
C6 C5 C11 N3 179.2  
C7 C6 C5 H6 180.0  
C5 C6 C7 C8 0.9  
C5 C6 C7 H7 180.9  
O2 N3 C11 C5 175.7  
O3 N3 C11 C5 9.8  
N2 C5 C11 C6 183.5  
C11 C5 N2 N1 175.0  
C11 C5 N2 HN2 295.0  
C11 C5 C6 C7 359.0  
C11 C5 C6 H6 179.0  
C8 C10 C11 C5 1.2  
C5 C11 C10 H10 181.2  
C10 C11 C5 N3 180.8  
N2 N1 C4 H4 60.0  
N2 N1 C4 H4A 300.1  
C4 N1 N2 C1 230.3  
N2 N1 C1 H1 55.8  
N2 N1 C1 H1A 296.5  
N1 N2 C5 C6 358.4  
N1 N2 C5 C11 175.0  
C5 N2 N1 HN2 120.0  
HN2 N2 C5 C6 118.4  
HN2 N2 C5 C11 295.0  
C5 N2 HN2 N1 233.5  
C7 C6 C5 C11 359.0  
C5 C6 C7 H6 180.0  
C8 C7 C6 H7 180.0  
C6 C7 C8 C9 179.1  
C6 C7 C8 C10 0.3  
H6 C6 C5 C11 179.0  
C5 C6 H6 C7 180.0  
H6 C6 C7 C8 180.9  
H6 C6 C7 H7 0.9  
C8 C7 C6 H6 180.9  
C6 C7 C8 H7 180.0  
C9 C8 C7 C10 178.9  
C7 C8 C9 F2 209.2  
C7 C8 C9 F3 86.4  
C7 C8 C9 F1 326.1  
C7 C8 C10 C11 358.6  
C7 C8 C10 H10 178.6  
H7 C7 C6 H6 0.9  
C6 C7 H7 C8 180.0  
H7 C7 C8 C9 359.1  
H7 C7 C8 C10 180.3  
C9 C8 C7 H7 359.1  
C7 C8 C9 C10 181.1  
C9 C8 C10 C11 179.7  
C9 C8 C10 H10 359.7  
F2 C9 C8 F3 122.8  
F2 C9 C8 F1 243.0  
F3 C9 C8 F1 120.2  
C5 C11 C10 C8 1.2  
C10 C8 C7 H7 180.3  
C7 C8 C10 C9 178.9  
C10 C8 C9 F2 28.1  
C10 C8 C9 F3 265.3  
C10 C8 C9 F1 145.1  
C11 C10 C8 H10 180.0  
C8 C10 C11 N3 182.1  
F2 C9 C8 C10 28.1  
C8 C9 F2 F3 238.0  
C8 C9 F2 F1 118.6  
F3 C9 F2 F1 240.6  
F3 C9 C8 C10 265.3  
C8 C9 F3 F2 121.6  
C8 C9 F3 F1 239.6  
F2 C9 F3 F1 118.0  
F1 C9 C8 C10 145.1  
C8 C9 F1 F2 241.5  
C8 C9 F1 F3 120.7  
F2 C9 F1 F3 239.2  
O2 N3 C11 C10 354.9  
O3 N3 C11 C10 189.0  
C5 C11 C10 N3 179.2  
C8 C10 C11 H10 180.0  
C8 C10 H10 C11 180.0  
H10 C10 C11 N3 2.1  
O2 N3 C11 O3 165.9  
C5 C11 N3 C10 180.8  
N3 C11 C10 H10 2.1